Как на меня новый метод резервного копирования в ISPManager5 жутко неудобный — во первых это новый внутренний формат DAR, во вторых я так и не нашел как включить нормальный планировщик. Немного порывшись в инете я нашел что можно сделать откат на старый вариант бекапов (по крайней мере для рута), сделать это довольно просто.

Открываем файл

/usr/local/mgr5/etc/ispmgr.conf

и пишем туда

Option EnableOldBackup

Затем перегружаем панель (я не знал как это сделать поэтому перегрузил сервер), после этого в левой панели появилось новое меню

В котором можно настроить варианты хранилища (локально, FTP, Яндекс диск и т.д.), и все это дело повесить на планировщик, однако формат архива доступен только tgz, но это не фатально.