Как на меня новый метод резервного копирования в ISPManager5 жутко неудобный — во первых это новый внутренний формат DAR, во вторых я так и не нашел как включить нормальный планировщик. Немного порывшись в инете я нашел что можно сделать откат на старый вариант бекапов (по крайней мере для рута), сделать это довольно просто.