Собственно, когда нужно посмотреть, сколько места занимает каждая из какая из папок, то можно проклацать Ctrl+space в Mignight Commander, а можно

установить ncdu, командой

apt-get install ncdu

и после запуска (той же командой ncdu), получить вот такую красивую картинку

Навигация происходит кнопками влево и вправо (или Enter), ненужную папку можно сразу delete, выход Ctrl+C.

И да, программа строит дерево относительно той папки в которой она запущена, enjoy.